Kenyataan bahawa Champlain dilahirkan di kota Brouage, sebuah kota pelabuhan di pantai barat Perancis, dilaporkan dalam judul bukunya, Des Sauvages: ou voyage de Samuel Champlain, de Brouages, faite en la France nouvelle l'an 1603 ("Mengenai Orang Gasar: Perjalanan Samuel Champlain dari Brouage yang dibuat di Perancis Baru pada tahun 1603"). [1] Selain daripada itu, tidak terdapat banyak yang diketahui tentang kehidupannya yang awal. Sesetengah orang meneka bahawa ibunya ialah Huguenot.

Champlain tiba di Amerika Utara pada 15 Mac 1603 dalam perjalanannya yang pertama sebagai salah satu ahli ekspedisi perdagangan bulu. Walaupun beliau tidak mempunyai sebarang tugas rasmi dalam perjalanan ini, Champlain mencipta sebuah peta tentang Sungai St. Lawrence dan selepas kepulangannya ke Perancis setengah tahun kemudian pada 20 September, beliau menulis buku yang tersebut di atas.

Diperintah oleh Henry IV untuk membuat laporan tentang penemuan-penemuan selanjutnya, Champlain menyertai lagi sebuah ekspedisi ke Perancis Baru yang diketuai oleh Pierre Dugua, Sieur de Monts pada musim bunga tahun 1604. Beliau membantu mengasaskan sebuah petempatan di Pulau Santo Croix yang kemudian ditinggalkan pada musim bunga berikut apabila peneroka-penerokanya menyeberangi Teluk Fundy untuk mengasaskan sebuah petempatan yang dinamai Habitasi di Pelabuhan Diraja (bahasa Inggeris: Habitation in Port-Royal ). Pemilihan tapak itu dibantu oleh Champlain. Champlain tinggal di sini sehingga tahun 1607 semasa menjelajah pantai-pantai Atlantik.

Pada tahun 1605 dan 1606, Champlain menjelajah kawasan yang kini merupakan Chatham, Tanjung Cod, dengan tujuan untuk menentukan kesesuaiannya sebagai sebuah petempatan baru tetapi pertempuran-pertempuran kecil dengan penduduk India Monomoyick mengakibatkannya menolak kawasan ini yang dinamainya "Pelabuhan Kekayaan" (bahasa Inggeris: Port Fortune).